邋遢鬼弗兰克在动物园工作时，竟然在地上捡起一枚被动物咬过的水煮蛋吃了下去，这可让他体内的免疫系统忙得不可开交。
　　弗兰克口腔里的口水巡逻兵在鸡蛋碎屑中发现了一些细菌，一只叫琼斯的白血球刚要去处理，弗兰克突然打了一个哈欠，把这团细菌吸入了体内。
　　红色死神是致命的病毒，它们专挑不讲卫生的人下手，可以在72小时内破坏人体下丘脑体温调节中枢，也就是人的体温控制系统，导致人发烧甚至死亡。
　　琼斯追击的那些细菌进入血管后，弗兰克开始出现头痛、嗜睡、流鼻涕的情况。他的女儿沙恩建议他少吃垃圾食品，适当做些运动。
　　感冒药片派克斯进入弗兰克市后，很快平复了弗兰克那些不适的症状，成了弗兰克市的小英雄。严肃谨慎的派克斯让琼斯颇有威胁感。
　　它们两个临时搭档，寻找逃逸的那群细菌。而这时，弗兰克突发高烧，派克斯和琼斯都对此感到有些蹊跷。
　　曾经是白血球警卫队高级警员的琼斯觉得这团细菌很可疑，于是自作主张紧追不舍。追击中，琼斯一枪打中弗兰克的神经中枢，弗兰克立刻腿部抽筋倒地呻吟。
　　琼斯因此被警察局长骂个狗血喷头，同事们也嘲笑它鲁莽。而一个名叫特雷克的红色死神病毒混在细菌中，趁乱进入了弗兰克的体内。
　　弗兰克体内的弗兰克市市长听到沙恩的劝告可不高兴，马上要竞选下一任市长了，弗兰克体内大量的脂肪都是它的忠实选民，它们可不想弗兰克运动。
　　市长打开大脑控制器，輸入一堆指令。于是弗兰克只是吃了一片感冒药，就抱着一桶炸鸡，窝在沙发上看了一整天的电视。
　　随着探案的进展，派克斯发现看似鲁莽不羁的琼斯，实际上具有非常强的洞察力和行动力，也真正关心弗兰克的健康，开始对它很有好感。
　　市长正忙着竞选活动，为了拉拢选民，它又不顾议会的建议，偷偷打开大脑控制器，操纵弗兰克去参加德州炸鸡派对，狂吃一个周末的炸鸡。
　　派克斯出面阻挠，市长却奚落它不过是毕业于加州医药研究院的一片樱桃味糖丸而已。派克斯备受打击，决定提前离开弗兰克市。
　　琼斯发现特雷克的行踪和已经被破坏的神经中枢，它急需帮手，可大家却沉浸在新市长的庆典中。琼斯只好说服派克斯留下来，用行动证明自己的实力。
　　弗兰克的心脏几乎停止了跳动，医生为他做心脏复苏，电流通过弗兰克的身体，他重重地呼出一口气，呼出的飞沫刚好把扭打在一起的琼斯和特雷克喷进女儿的眼睛。
　　沙恩伏在弗兰克身上大哭，琼斯看准时机，借着眼泪的冲刷，将特雷克从沙恩的眼结膜上推了下去，自己也纵身一跃，带着被特雷克取走的神经元回到弗兰克体内。
　　琼斯和派克斯终于用行动证明了自己。弗兰克市的市民在全市直播里了解了真相，气愤地把不作为的市长轰下了台。
　　感谢医生们全力抢救，为弗兰克的免疫系统争取了时间。体温调节中枢修复后，弗兰克很快痊愈。他也终于改变了不良的生活习惯，成为一个讲卫生、爱运动的好爸爸。
　　弗兰克忍着高烧赶去炸鸡派对，原本期待和他一同参加远足的女儿沙恩只好和同学结伴。同学为了安慰她，拿出为派对准备的化妆工具，给她粘了一副夸张的假睫毛。
　　车开了不远，弗兰克就陷入昏迷。恰巧沙恩的校车经过，大家一同把弗兰克送进医院。琼斯和派克斯也在体内对特雷克展开激烈的追捕，一路追到口腔区。
　　大家刚松了一口气，突然发现特雷克并没有离开沙恩的身体。他正抓住沙恩的睫毛，发出一阵狂笑：“你们救得了老爹，却救不了这个小女孩儿！哈哈哈……”
　　特雷克的笑声还没落，睫毛突然一震。沙恩的泪水泡开了睫毛胶，特雷克和它紧紧抓住的假睫毛一同掉到桌上的医用酒精里，瞬间被烧死。