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生态安全是推进产业结构调整优化升级的前提和基础。文章选取1990~2009年的相关数据对新疆产业结构调整和生态安全之间的关系进行了实证分析,结果表明,新疆产业结构调整和生态安全之间存在着长期均衡关系,且产业结构调整在一定程度上是形成生态安全的原因,并在此基础上提出了新疆推进产业结构调整的生态保障措施。