反向对接的选择性与非选择性抑制剂找靶评价:Glide个案研究

来源 :中国药学(英文版) | 被引量 : 0次 | 上传用户:b278651776
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
反向对接作为一种靶标预测的有效工具,有许多方面仍待探究.对反向对接软件的客观评价可以帮助我们更好地了解这些工具的长处与短处,并在靶标预测的过程中起到指导作用.本研究中,我们评估了Glide (SP)针对选择性抑制剂与非选择性抑制剂的靶标预测能力.结果 说明针对不同配体,对接打分的倾向可能存在差异,因此总体打分抽样对帮助我们更好地理解某对配体受体间的对接打分具有重要的意义.另外,对接时结合口袋的输入构象对对接结果存在一定的影响.Glide (SP)显示出较好的对非选择性抑制剂的靶标预测能力.然而,其对于选择性抑制剂的靶标预测准确度相对较低,说明该软件不适用于这方面的工作.针对COVID-19的案例研究表面凝血因子Xa可能是氯喹的潜在靶点.因此,我们认为对反向对接软件的进一步开发与靶点间打分差异的修正十分必要.“,”As a powerful tool for target prediction,reverse docking remains largely unexplored.The objective evaluation of reverse docking software can help us know better about the strength and weakness of these tools,hence guiding us in target prediction.In the present study,we evaluated the target prediction power of Glide (SP) against general inhibitors and selective inhibitors.The results showed that the scoring tendency could be different for each ligand,and overall scoring sampling was necessary for a better understanding of the docking score for a certain protein-ligand pair.Besides,the input conformation of the binding pocket could affect the docking result.Glide (SP) showed a preferable performance on the target prediction of the general inhibitors.However,the accuracy of the target prediction of the selective inhibitors was relatively low,indicating that Glide (SP) might not be capable for this task.The case study about COVID-19 proved that coagulation factor Xa might be a potential target of chloroquine.Therefore,we recommend the further development of reverse docking tools and rectification of inter-target scoring bias.
其他文献
苏州日本人学校自开办以来,一直设有汉语课.小学低年级(一、二年级)在汉语课上实行以数字、动物等话题为教学内容的主题式教学法.但是本校的汉语教学实践仍然存在几个问题.为
在放射性核素活度分析中,γ能谱测量以其方便、快捷、探测效率高及线性优良而愈来愈凸显其重要作用.在2004年全国卫生系统γ能谱测量的建材盲样邮寄比对中,本实验室取得了比较满意的效果。
激酶mTOR是PI3K-AKT信号通路的关键组成部分,该激酶在宫颈癌细胞中被高度激活.本文运用基于结构的药物发现等手段发现了一系列mTOR激酶抑制剂并对其进行生物学评价,发现其可
回族是一个人口较多,分布广泛的少数民族。根据2000年第五次全国人口普查统计,回族人口为9816805人,回族主要聚居于宁夏回族自治区,在甘肃、青海、河南、河北、山东、云南等
▲停泊 刘立民凤凰城鼓楼 刘立民▲刘立民作品刘立民作品 ▲ moored Liu Limin Phoenix Drum Tower Liu Limin works Liu Limin works
期刊
花腰傣文化保护区位于玉溪市新平彝族傣族自治县大槟榔园村。全村58户,299人,人均耕地面积1.13亩,2003年人均收入1488元。村寨依山傍水,森林覆盖率达90%以上。大槟榔园村寨布
根据今日投资《在线分析师》(www.investoday.com.cn)对国内70多家券商研究所1800余名分析师的盈利预测数据进行的统计,本周综合盈利预测(2006年)调高幅度居前的30只股票中,
本文通过介绍罗德岛大学的中文领航项目的课程设置,讨论为了达到培养高级汉语人才的面临挑战和采取的对策.罗德岛大学的中文领航项目的课程设置提供学生四到五年的
会议
本文旨在探讨实现"对外汉语教学"向"国际汉语教学"的成功转变,首先要了解和认识地处中国境内的汉语教学与地处中国境外的汉语教学有何主要不同之处;并基于此,探讨如何相应调
会议
针对肿瘤细胞不同信号通路的多药递药系统具有协同治疗的作用.本文中,我们开发了一种由聚-L-赖氨酸(PLL)和负载有紫杉醇/吉西他滨的聚谷氨酸(PGA-PTX和PGA-GEM)组装的叶酸(FA