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经办机制与付费方式的联动改革是新三医联动模式的重要内容。笔者首先从功能和动能的角度提出了经办机制与付费方式的相互关系和适配模式;然后分析了公立性行政化经办机制与预付费方式错配的主要原因,包括性质方面的错配、控费功能方面的错配、保质功能方面的错配;最后提出了付费方式与经办机制适配的两种选择——公立性行政化经办机制与项目制后付费方式的制度组合、竞争性法人化经办机制与打包制预付费方式的制度组合,力图为医疗保险付费方式与经办机制的协同改革提供理论参考。