【摘 要】
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为开发槜李EST-SSR标记,利用MISA软件筛选了槜李花转录组测序获得的35 584条Unigenes,对其SSR信息进行分析后,利用Primer3.0软件设计EST-SSR引物,并随机选取40对SSR引物对12
【机 构】
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嘉兴职业技术学院; 浙江省嘉兴市农业科学研究院(所); 嘉兴市种植技术推广总站; 嘉兴市李子园艺科学研究所;
【基金项目】
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嘉兴市科技计划项目(2017AY13030);浙江省大学生新苗人才项目(2018R467001);浙江省教育厅“十三五”第一批教学改革项目(以项目为载体的园艺专业创新能力培养的实践与研究)和浙江省教育厅一般科研项目(Y201839210)共同资助
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为开发槜李EST-SSR标记,利用MISA软件筛选了槜李花转录组测序获得的35 584条Unigenes,对其SSR信息进行分析后,利用Primer3.0软件设计EST-SSR引物,并随机选取40对SSR引物对12个李品种进行EST-SSR引物筛选及多态性分析。结果发现,在槜李花转录组中共搜索到个10 791个SSR位点,分布于8 433条Unigenes,SSR发生频率为23.70%,平均每3.71 kb含有1个SSR;SSR重复基元中二核苷酸重复出现频率最高,占总SSR数量的52.98%,其次为三核苷酸重复(占24.00%)和单核苷酸重复(占20.95%);二核苷酸重复基元以AG/CT为主(85.95%),三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主(31.24%)。利用Primer3.0软件共设计出9870对候选引物,随机选择40对引物对12个李品种进行SSR引物筛选及多态性分析。40对引物均能扩增出预期大小的条带,有效扩增效率为100%,40对引物中有5对引物在12个李品种中表现出多态性。本研究开发的EST-SSR标记可为李属植物遗传多样性分析提供丰富的候选标记,同时可为槜李发育相关功能基因定位、遗传图谱构建、及分子标记辅助育种等研究提供帮助。
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