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海洋强国梦想的实现离不开海洋高等教育的科学发展。学科专业建设作为海洋高校内涵建设的重要内容，对于提升海洋高等教育质量具有重要意义。基于协同学理论，分析了海洋高校学科专业建设现存的问题。同时，以大连海洋大学为例，从学科专业内部、之间、外部三个角度探讨海洋高校学科专业的协同发展问题，并提出组建学科群与专业群、构建学科专业一体化体系、破除壁垒，强化产学研用合作等措施，从而实现学科间、专业间，学科与专业间，学科专业与社会间的协同创新。