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运用数据包络分析方法,对东西部地区2001-2008年间科技创新进行投入资源配置效率和成本效率分析。结果显示:东部地区平均技术效率、配置效率、成本效率均高于西部地区的相应指标。东西部地区应采用调整资源投入结构、科技创新互动等措施,提高地区科技创新的成本效率,从而有效地控制科技创新成本、提高科技创新能力。