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以161个美国山核桃品种及株系、1个核桃品种和1个山核桃品种为试材，利用ISSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析。结果表明：14条ISSR引物在供试品种中共扩增出56条谱带，其中55条为多态性条带，多态性指数达98％；供试品种的基因多样性指数为0．3668，Shannon多态性信息指数为0．5428；品种间相似系数范围为0．29-0．94，平均为0．6496，表明这些美国山核桃种质资源间的亲缘关系较近。供试品种（单株）的遗传背景比较复杂，根据聚类分析可将这些品种（株系）划分为9个类群。