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以中国牛亚科家畜6个群体12对微卫星数据为基础，采用6种遗传距离（DA、DC、DS、DSW，（σμ）^2和DTL）和2种聚类方法（UPGMA和NJ法），探索它们对系统树构建准确性的影响。结果表明：微卫星位点平均杂合度水平显著影响系统树构建的准确性，用DA和DC遗传距离构建的系统树准确性相对较高，但很难确定NJ法和UPGMA法哪一种更适合于系统树的构建，而DTL遗传距离用于系统树构建有待进一步完善；最后，对微卫星用于家畜系统树构建的有效性和局限性进行了探讨。