【摘 要】
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以转录组测序数据为基础,利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行检测及分析,分析怀菊转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为后期SSR标记的开发
【机 构】
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河南中医药大学药学院,呼吸疾病河南省协同创新中心,四川大学
【基金项目】
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2016年度中央引导地方科技发展专项资金“河南道地大宗药材种质评价及集约化种植与示范”
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以转录组测序数据为基础,利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行检测及分析,分析怀菊转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考。结果表明,共检测到8553个SSR位点,它们分布在7369条Unigene中,出现频率为2.83%,SSR位点的发生频率为2.44%;其中单核苷酸重复基序最多、其次为三核苷酸重复基序。怀菊转录组基序长度主要集中于12~19 bp,多具有中等多态性。对SSR序列设计引物,共得
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