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花色苷作为植物的次生代谢产物及花和果实的主要色素成分，不仅可以吸引授粉者和种子传播者，还参与过滤紫外线，抵御病原菌，提高植物的育性。因为它具有抗氧化、抗炎症、抗癌、抗肥胖、抗糖尿病和保护心脏等活性，因此不仅可以作为天然染料，还可以作为保健食品。随着在众多植物中发现了花色苷合成基因及调控基因，其合成途径和分子调控得到了阐释，因此花色苷代谢工程被应用于植物和微生物。