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肺有庞大的表面积与外界进行气体交换，每次正常呼吸都可能受到外来病原菌的入侵。然而呼吸系统有完善的抗感染防御机制，包括上皮细胞的完整性和脱落、上皮表面覆盖的唾液、粘液纤毛运输系统、细菌与上皮细胞的结合、细菌与正常菌落的竞争、含表面活性物质的肺泡衬液、气道粘膜的pH值改变和体液免疫(IgA，IgG)、肺泡巨噬细胞和中性粒细胞的聚集、