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提升科技自主创新效率是推动创新型国家建设的关键。此研究运用三阶段DEA模型,在考虑科技发展水平、教育水平、政府支持和成果保护4个环境因素影响的基础上,对2013年至2017年间我国东部地区科技自主创新效率进行实证分析。研究结果发现:我国东部地区科技自主创新效率会受到科技发展水平等4个外部环境因素的影响;在剔除外部因素影响后,我国东部大多数省市科技自主创新效率有所提升;我国东部大部分省市还需优化科技资源投入规模,从而达到规模收益的最佳阶段。最后,提出提升我国科技自主创新效率的对策建议。