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采用ISSR分子标记对42个银杏雄株进行亲缘关系分析。从100条引物中筛选出12条多态性引物，共扩增得到94条带，多态性条带56条，平均每个引物扩增的多态性带数为7．83条，多态性百分率为59．57％，表明银杏雄株的遗传多样性较高。用UPGMA方法进行聚类分析，在遗传相似系数为0．51水平上将42个银杏雄株分为3个类群。用EIGEN方法进行主坐标分析，建立亲缘关系的三维图。两种分类方法所获结果基本一致，雄株的亲缘关系与地区分布不完全相关，山东与江苏的部分银杏雄株试材亲缘关系较近。