【摘 要】
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MYB是植物重要的转录因子,对果实的发育发挥重要的作用.本研究基于芒果果实和叶片转录组数据,运用Nr、Swiss-prot和Pfam数据库进行Unigene的功能注释,共鉴定得到125个MYB家族转录因子,其中包含4R-MYB (1)、R1R2R3-MYB (1)、R2R3-MYB (51)、R1-MYB (8)和atypical-MYB (64).通过在线数据库分析表明具有R重复区的共61个MYB蛋白中大部分属于亲水性蛋白,且均不含有信号肽和跨膜结构,亚细胞定位于细胞核.序列比对和进化树分析表明:芒果M
【机 构】
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贵州师范大学生命科学学院,贵阳,550025
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MYB是植物重要的转录因子,对果实的发育发挥重要的作用.本研究基于芒果果实和叶片转录组数据,运用Nr、Swiss-prot和Pfam数据库进行Unigene的功能注释,共鉴定得到125个MYB家族转录因子,其中包含4R-MYB (1)、R1R2R3-MYB (1)、R2R3-MYB (51)、R1-MYB (8)和atypical-MYB (64).通过在线数据库分析表明具有R重复区的共61个MYB蛋白中大部分属于亲水性蛋白,且均不含有信号肽和跨膜结构,亚细胞定位于细胞核.序列比对和进化树分析表明:芒果MYB转录因子的结构域具有高度保守性,结构分析含有[W]-X(19)-[W]-X(19)-[W]结构.最后通过GO功能注释得到大部分的MYB具有结合和转录调节活性.除此之外,MYB还可以具有催化活性和转运活性.在生物过程中,主要以细胞过程、生物调节、生物调节过程、刺激响应和代谢过程居多.本研究为进一步挖掘和分析芒果MYB转录因子功能奠定了基础.
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CO(CONSTANS)是植物成花诱导中光周期途径的关键基因.为探明黑喉石斛(Dendrobium ochreatum)CO同源基因在其花发育过程中的表达模式,以黑喉石斛不同时期叶片为试验材料,基于转录组测序结果,结合同源克隆和3\'RACE克隆技术得到黑喉石斛CO同源基因,命名为DoCOL10.DoCOL10基因编码区长度为1 263 bp,共编码421个氨基酸;该基因编码的氨基酸序列有2个完整且相连的B-box元件和1个CCT结构域,属于CO家族第1类,为CO同源基因;DoCOL10不具备跨膜结构
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