国库集中支付制度是指国家财政收入、支出不论预算内、外的资金都需要全部纳入国库的单一帐户管理或者国库指定代理银行开设的单一帐户来管理，国库集中支付制度作为当前我国财政管理的一项重大改革政策，实现了在高校制度和管理上更加完善和规范，对加大高校预算执行透明度，加强财政监督控制，提高资金的使用效率以及信息反馈等方面都取得了显著成效。但同时也存在当前我国高校实施国库集中支付制度执行过程中遇到的一些实际问题，如基建财会核算，银行贷款偿还、资金垫支返还，校内资金拨款、校区之间核算等，客观上使高校财务管理面临诸多现实问题。如果这些问题不能及时有效解决，必将会影响国库集中支付制度改革在高校全面推进，文章对我国高校在实施国库集中支付制度以来取得的经验进行了反思和认识，对存在的一些问题提出相应建议和思索。