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采用nrDNA ITS序列及18S序列两种分子标记，对东海原甲藻和美国国家海洋藻种保藏中心（CCMP）的具齿原甲藻进行分子鉴定，结果表明，两者之间序列非常相似，两者的nrDNAITS序列碱基差异值仅为0．002，nrDNA18S序列的碱基差异值为0．000，根据分子数据，东海原甲藻和美国国家海洋藻种保藏中心的具齿原甲藻应为同一个种．从基因库获取原甲藻的另外3个种nrDNAITS序列和8个种的18S序列，用计算机软件进行分析和构建分子系统树，结果显示18S序列用于原甲藻的分子鉴定过于保守，而nrDNAITS