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线粒体DNA指纹是指线粒体DNA控制区内的高变异区碱基突变导致的多态、重复序列数目的变异导致的异质型多态和分子长度多态。线粒体DNA指纹技术具有多态信息广泛、特异性强,对样品质量要求宽松,实验操作简便、快速、经济、安全,结果准确、稳定、重复性好、灵敏度高的特点。其在动物亲缘关系鉴定、遗传纯度分析、进化、个体及细胞的标记与识别、重要经济性状的核外基因效应研究等领域具有广阔的研究和应用前景。