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构建大数据治理运行机制是高校对大数据时代的积极回应,也是高校大数据治理顺利进行的必然选择。高校大数据治理运行机制的组成要素主要包括运行制度、运行主体、运行程序,具有行为规范功能、关系协调功能、资源配置功能。当前,高校大数据治理运行机制存在诸多问题,制度供给相对滞后、数据标准推进缓慢、共治格局尚未形成。鉴于高校大数据治理运行机制是一个由不同维度的机制组成的复合性机制,它的完善可从建立三大机制入手:自上而下的执行机制、自下而上的采集机制、多元协同的互动机制。