基于非线性降维算法的膜蛋白类型识别

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众所周知,研究未知膜蛋白的类型可对基础研究和药物发现提供有用的线索。在后基因组时代,伴随着蛋白质序列数量的剧增,用实验方法确定膜蛋白类型太过昂贵和费时。因此,研究出一种能够自动发现可能的膜蛋白的计算方法变得很重要。鉴于这种情况,曾有人采用DC(Dipeptide Composition)方法表示蛋白质序列并取得了很好的预测结果。然而,采用这种表示方法得到的特征维数很高,冗余很大,使得预测系统十分复杂。为了解决这个问题,本文采用非线性降维算法KPCA(Kernel Principle component a
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