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Brain and Nervous System Pro III软件内容丰富，涵盖了周围神经系统和中枢神经系统。如此庞大的信息量要求软件的界面编排既要简洁，让用户容易上手操作；同时也要方便查阅，不需要繁琐的流程。在这方面， Brain and Nervous System Pro III为用户提供了三种信息索引方案。第一种是“导航”模式，用户在界面左上角可以看到一个完整人体的缩略图，点击缩略图后，软件的主界面上会显示出点击部位的局部高清画面，并清晰地显示出该部位所有神经的走行；第二种是“索引”模式，索引模式是以某一神经的名称作为链接索引，这种模式非常适合精确查找；第三种是“地图”模式，该模式将人体的部位名称作为链接索引，通过选择某一部位名称在主界面上显示该部位的所有神经走行。