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采用PCR-DGGE技术,分析了鲢Hypophthalmichthys molitrix、鳙Aristichthys nobilis肠道微生物的群落结构及其多样性。PCR-DGGE指纹图谱显示:鲢样品的平均条带数为16,个体间差异较小;鳙样品的平均条带数为14,个体间差异较大。基于PCR-DGGE指纹谱带的UPGMA聚类分析和相似性分析显示:鲢样品的平均相似系数为0.569,属于中等相似水平;鳙样品的平均相似系数为0.623,也属于中等相似水平。测序结果表明:鲢肠道微生物主要有拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和疣微菌门;鳙肠道微生物主要有拟杆菌门、变形菌门、蓝细菌门和厚壁菌门。