【摘 要】
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以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)的位点信息
【机 构】
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中国水产科学研究院黄海水产研究所,青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室,南京农业大学无锡渔业学院,中国海洋大学海洋生命学院,上海海洋大学水产与生命学院
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(31672645);中国水产科学研究院基本科研业务费专项(2019HY-JC02);山东省泰山学者建设工程专项共同资助
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以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)的位点信息。结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在64,933条Unigene中,SSR位点发生频率为36.49%,出现频率为90.66%。其中,最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%
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