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利用SSR分子标记对新疆喜盐鸢尾9个地理居群进行了遗传多样性研究。结果表明，新疆喜盐鸢尾具有较高的遗传多样性，6对引物共扩增出45个位点；物种水平上Nei’s基因多样性指数为0．2949，Shannon多样性指数为0．4672，种内总基因多样性为0．2949；居群内基因多样性为0．2468，71．58％的遗传变异存在于居群内，28．42％的遗传变异存在于居群间；居群间的遗传分化系数为0．2842，基因流为1．2593。UPGMA遗传距离聚类结果表明，生态地理条件相似的居群优先聚集。