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为了探讨genomic-SSR与EST-SSR标记在柱花草种间的遗传差异,利用两种SSR标记技术,对来自不同种的12份柱花草种质进行了遗传分析,并对两种不同标记进行比较。结果表明：EST-SSR标记相比genomic-SSR在柱花草不同种间具有更好的通用性,EST-SSR检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是4.6和0.610,genomic-SSR检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是5.6和0.702。聚类结果表明,genomic-SSR和EST-SSR均能有效鉴别所有供试柱花草种质。