目的：分析在胃肠外科临床中应用虹吸引流和负压引流的效果。方法：选取80例患者为研究对象，按照抛掷硬币方式将其分成两组，观察组40例，临床中采用虹吸引流方式治疗，对照组40例，给予负压引流方式治疗。结果：观察组患者的术后引流量、引流时间（266.89±64.76）ml、（3.20±1.19）d，对照组分别为（273.25±60.80）ml、（2.97±1.33）d，组间比较差异无明显统计学意义（P ＞0.05），观察组、对照组患者的治疗费用分别为（66.60±15.28）元、（91.33±17.09）元，差异具有统计学意义（P ＜0.05）；观察组的并发症发生率为2.5％，对照组为2.5％，两组比较差异无统计学意义（P ＞0.05）；观察组患者术后的管道堵塞发生率为15.0％，对照组为30.0％，观察组明显低于对照组（P ＜0.05）。结论：虹吸引流应用于胃肠外科治疗效果明显，颇具临床应用价值，值得临床推广应用。