为了探究机制大曲和人工大曲不同部位微生物群落结构的差异及其影响因素。该研究以成品机制大曲和人工大曲为研究对象，通过对机制大曲和人工大曲曲块各部位理化生化指标进行测定，并使用高通量测序技术研究各部位微生物群落多样性，最后通过冗余分析（redundancy analysis，RDA）分析两种大曲核心微生物与理化生化指标的相关性。结果表明：机制大曲和人工大曲各部位的理化生化指标的变化规律基本一致。两种大曲曲块不同部位的真菌构成均具有一定的差异性；同样，机制大曲不同部位的细菌构成也具有较大差异，而人工大曲不同部位的细菌构成却具有较高的相似性。两种大曲中的主要差异微生物为曲霉属、地霉菌属、复膜孢酵母属、双足囊菌属、高温放线菌属和葡萄球菌属。两种大曲的核心微生物中嗜热真菌属、高温放线菌属主要分布在两种大曲的坯心和包心，而芽孢杆菌属、伊萨酵母属、威克汉姆酵母属主要分布在两种大曲的表层和中层。RDA分析表明，水分、酸度、还原糖和氨基酸态氮是影响两种大曲微生物的主要环境因子，芽孢杆菌属、根毛霉属、丝孢酵母属、复膜孢酵母属、假丝酵母属和伊萨酵母属是主要影响大曲糖化力、液化力和酒化力的微生物。