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水稻穗型是重要的农艺性状，也是水稻高产的重要决定因素之一。本研究根据水稻弯曲穗品种与直立穗品种在直立穗基因qpe9-1第5外显子处存在的核苷酸差异设计了1对插入-缺失标记（Insert／Delection），InDel-E5。利用该功能标记对24份水稻品种资源材料及直立穗分离群体F2进行标记基因型分析，研究结果表明，直立穗品种均表现为缺失带型，弯曲穗品种均表现为非缺失带型，F2群体中杂合带型和非缺失带型均为弯曲穗，而缺失带型均为直立穗，说明利用该标记可以快速、准确的鉴定出直立穗品种和单株。