【摘 要】
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为了深入了解端锚聚合酶抑制剂的作用模式,选取15个活性端锚聚合酶抑制剂组成训练集,构建基于配体共同特征的药效团,选取11个活性抑制剂和6个非活性抑制剂组成测试集验证药效团.利用分子对接方法,将15种活性抑制剂对接于端锚聚合酶的腺苷活性口袋中,探究活性抑制剂与端锚聚合酶结合口袋处的关键作用方式.将分子对接结果与药效团模型相结合,构建更精确的药效团模型.基于配体共同特征的药效团模型有5个化学特征,即包含1个芳香环(R)、2个疏水基团(H)和2个氢受体(A).分子对接结果显示,活性抑制剂在腺苷结合口袋处与关键氨
【机 构】
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大连大学生命科学与技术学院,辽宁 大连 116622
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为了深入了解端锚聚合酶抑制剂的作用模式,选取15个活性端锚聚合酶抑制剂组成训练集,构建基于配体共同特征的药效团,选取11个活性抑制剂和6个非活性抑制剂组成测试集验证药效团.利用分子对接方法,将15种活性抑制剂对接于端锚聚合酶的腺苷活性口袋中,探究活性抑制剂与端锚聚合酶结合口袋处的关键作用方式.将分子对接结果与药效团模型相结合,构建更精确的药效团模型.基于配体共同特征的药效团模型有5个化学特征,即包含1个芳香环(R)、2个疏水基团(H)和2个氢受体(A).分子对接结果显示,活性抑制剂在腺苷结合口袋处与关键氨基酸的Tyr 1213、Asp 1198和Gly 1196形成氢键.将分子对接结果与药效团模型结合,构建出一个精确的药效团模型(RRHHAAD),在该药效团中,3个氢键分布在腺苷口袋的A和C位点处,2个共轭环(R1和R2)分别与端锚聚合酶的Phe 1188和His 1201形成共轭作用,药效团模型中心的疏水特征(H2)位于B位点处.叠加后得到的药效团可以准确反映腺苷位点的特征,也可以解释抑制剂与端锚聚合酶的互作方式.
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