目的明确阜阳市手足口病暴发的病原体,并对RT-PCR结果进行分析。方法利用巢式RT-PCR方法,分别采用肠道通用引物、EV71特异引物和CoxA16特异引物对这起暴发中156例病人的176份病例标本进行检测。结果156例病例的176份标本中,肠道通用引物、EV71特异引物和CoxA16特异引物检测阳性率分别为73.30%、63.07%、0%。咽拭子、气管吸痰液、肛拭子肠道通用引物检测阳性率分别为75.71%、54.54%、78.57%,χ2=4.57,P>0.05;EV71特异引物检测阳性率分别为65.00%、45.45%、71.43%,χ2=3.57,P>0.05,两种引物检测的三类标本阳性率比较均无统计学意义。156例病例中,有22人采集了双份或多份标本共计50份,其中标本阳性率和病例阳性率比较,肠道通用引物检测分别为56.00%、81.82%,χ2=4.41,P<0.05;EV71特异引物检测分别为54.00%、81.82%,χ2=5.04,P<0.05,两种引物检测结果均有统计学意义。结论巢式RT-PCR技术是肠道病毒快速诊断的重要手段,阜阳市手足口病暴发的病原体为肠道病毒EV71型。多次多样本采样能够提高病例阳性诊断率。