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构成肠道微生态环境的菌群包括十几个菌属中的400～500个菌种的细菌.传统的肠道菌群分析方法,包括选择性培养计数、显微镜细菌形态观察、纯种细菌分离和生理生化鉴定等.但所需时间长、费用高、操作烦琐、敏感度低,且需要预先知晓该细菌的营养及生长要求.此外,有相当一部分细菌无法用常规培养检出,且基于表型的细菌分类及鉴定并不是总能得到明确的结果.随着分子生物学技术的发展及对核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)研究的深入,国内外学者已创建不少快速、简便、特异、敏感、低耗的从分子水平来检测细菌的新方法,使一些原本无法培养的细菌能被检测,现拟就有关方面的基础及应用研究进展做一综述。