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本文将科技创新与金融结构纳入一个复合的协同演化系统，构建了科技创新与金融结构有序度模型与复合系统协同度模型，并利用日本1975-2012年和中国1995-2011年的年度时间序列数据对二者之间的协同演化关系进行了实证分析与比较研究。结论表明，日本科技创新与金融结构复合系统的协同度伴随着其经济周期的波动而波动，而中国市场化改革以来随着经济的高速增长，科技创新与以股票市场为核心的直接金融市场体系之间的协同度波动剧烈。