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结合荧光双链置换探针的特异性和实时PCR的准确定量能力，建立了一种新颖、准确、价廉且高通量的测定DNA池等位基因频率的方法．该方法采用不同荧光标记的双链置换探针1次PCR反应即可测定出等位基因频率．实验以β-地中海贫血CDs41-42(-TCTT)突变为对象．分别用荧光染料FAM和ROX标记野生型和突变型探针，由实时PCR检测建立的等位基因浓度与循环阚值的响应曲线计算DNA池的等位基因频率．结果表明，建立的系列等位基因浓度与循环阈值呈线性关系，线性相关系数分别为0．9977(野生型等位基因)和0．9938