目的 分析自心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒的核酸序列，探讨病毒病因的分子基础。方法 使用肠道病毒特异引物对从心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒RNA进行RT-PCR扩增，PCR产物经纯化后分别经不同的引物正反向直接核酸循环测序，并应用SeqEd和DNA软件及AssemblyLIGN软件对测序结果进行分析。结果 确定7株病毒5′端从核苷酸位点40到750之间710bp基因序列；序列分析结果发现，尽管为同血清型病毒，但其5′端非编码区基因变异率仍在15%左右，而血清型为柯萨奇B5病毒则高达34.08%，与肠道病毒各血清型之间5′端非编码区基因变异率无明显差异；对血清型为CVB3的两分离株病毒5′端基因特殊位点分析，发现与CVB3标准株（Nancy株）比较234位由T→C、690位由C→A。结论 确定了所分离到的一些肠道病毒5′端非编码区基因序列；肠道病毒5′端非编码区基因与血清型关系不大；CVB3分离株5′端基因特殊位点变异与致病的关系值得进一步探讨。