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目的：了解上海市二级医院1999-2009年运行效率的变化趋势,发现影响效率的主要原因;方法：构建DEA模型,测算各医院的全要素生产率、技术效率和技术变化,利用Malmquist指数分析生产率变化趋势和原因;结果：上海市20所二级医院1999-2009年全要素生产率呈下降趋势,主要是由于技术水平下降引起,医院的技术效率和规模效率相对稳定;结论：维持二级医院的规模,提高医院的技术水平将促进医院整体运行效率的提升。