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以Lip8为研究对象，以分级开放式优化和组合优化为优化策略，分别采取四种不同的优化手段对相同的初始模型进行了优化，同时比较了含水体系与不含水体系的优化过程，最终获得8个相应优化后的蛋白模型．采用Procheck，Errat，Profile 3D及Ramachandran图等方法对上述8个模型进行评估．通过比较各项评估结果，研究了不同优化方法对最终模型准确性的影响，结果表明，优化过程中采用分级开放式策略，同时考虑显性溶剂（水）体系和加入分子动力学优化的优化方法可以获得相对最优结构．