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流域生态补偿是协调流域上下游之间利益冲突的关键所在。流域生态经济补偿理论包括外部效应理论、公共产品理论和生态资本理论。流域生态经济系统的特征主要表现为流域生态经济系统是一个开放的复杂系统;是一个非平衡和复杂系统;存在着非线性作用机制;并且系统内外存在着大量的随机涨落及其涨落的放大机制和突变性。因此,需要从生态补偿主体、生态补偿对象以及生态补偿方式等方面构建流域水资源的生态补偿机制。