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本研究以前期高通量测序结果为基础,利用MISA软件分析了所获得的转录组数据的SSR位点,发掘了11个EST-SSR标记.这11个EST-SSR标记了红麻响应干旱胁迫的关键基因外显子区的简单重复序列多态性,并且在遗传变异来源广泛的红麻品种中具有多态性,可以区分44个红麻品种.通过5个红麻品种的初步筛选和44个红麻品种的验证,这11个多态性标记可稳定检测,可以直接将本研究所开发的标记应用于更多红麻品种的检测,进行种质资源分子遗传多样性评价、亲缘关系鉴定和关键抗旱基因的特定外显子区简单重复序列多态性分析,为红麻分子标记辅助育种提供良好的标记储备,也为红麻自然变异中筛选关键基因的功能等位变异提供一种检测的候选分子标记.