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目的分析2010～2011年本院分离的2株柯萨奇病毒A16（Cox16）VP1区核苷酸（氨基酸）变异和进化特征，探讨CoxA16基因变异与临床特征的相关性。方法选取CoxA16所导致的手足口病患儿的咽拭子标本，采用RT-PCR法扩增其VP1区3’-端核苷酸序列（约400bp），所得序列与近几年中国内地和1951～2010年世界范围流行的CoxA16分离株进行核苷酸序列比对，并分析VP1区氨基酸的变异。结果本研究中2例患儿均有典型的手足口病表现：发热，双手、足红色皮疹和口腔黏膜散在的疱疹，其中分离出JN20