对资金雄厚的国际创新药企业来说，新药研发更像是对投资组合的管理，除了少部分新药由企业内部自主研发外，大多数产品都是通过收购或外部合作获得的。对尚处于实验阶段(多为临床中后期)但具有市场潜力的新药，跨国制药公司与创新研发企业往往通过合作研发来加强其产品能力，例如默克2007年与Ariad公司签署的超过10亿美元研发肿瘤治疗新药的协议，包括前期费用、里程碑付费和销售分成及专利提成等。中国的制药企业如惠源制药，在创新模式上是很难如跨国公司一样大规模投资的，不过在拥有技术但缺乏资金的时候，寻求外部合作伙伴不失为一个解决方案。
　　资金和渠道是这种研发模式对中小型创新企业带来的最大利益。2000年4月在纳斯达克上市的新药研发企业Tanox，当初还是“小公司”时，就选择了可以帮助自己的战略伙伴，其中最知名的就是全球第二大生物科技公司Genentech，以及世界医药行业排名第三的诺华制药公司。Tanox与它们共同承担了过敏药物xolair的相关研发投资。据公开资料显示，前期预支付(UpfrontPayment)的资金达到6300万美元。根据协议，Tanox与Genentech、诺华共同分享美国销售权，诺华和罗氏制药公司享有欧洲的销售权，Tanox和诺华共同分享新加坡以及中国内地、香港、台湾的销售权。Tanox获得了研发资金外，还将在药品上市后借力对方强大的销售网络，光是这一点，就是很多中小型公司望尘莫及的。
　　这类合作模式的细节大多大同小异。2007年上海靶点药物有限公司与澳大利亚艾维克(Avexa)公司签署的合作协议也非常明确，防治艾滋病候选新药“尼非韦罗”的全部知识产权，包括后续研发中产生的知识产权，以及未来新药在中国(包括港澳台地区)的销售权归中方所有，而亚艾维克承担新药的后续全部研发费用，分阶段支付专利转让经费，同时获得新药在中国以外地区的销售权(但中方拥有一定比例的国际市场销售收入)。
　　由于中国目前还处在以解决人民基本看病医疗需求的阶段，所以中国市场暂时并不是一个能够让原创新药实现高额商业回报的市场。真正创新药产品的市场依然是在发达国家，尤其是美国。国内的新药研发企业并不具备国际市场的推广能力，因此同大型跨国药企的合作能够帮助新药产品快速进入国际市场，在专利保护期内最大化新药的商业价值。
　　这种联合开发模式目前十分常见，实际上是资本和技术的结合，如果惠源制药能够与跨国制药企业处理好合作的形式，还是能达到“借船出海”的双赢效果的。