【摘 要】
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HIV-1蛋白酶是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.采用分子动力学模拟,运用MM-PBSA方法计算了HIV-1蛋白酶与三个抑制剂BE4,BE5和BE6的结合自由能,结果表明抑制剂P1/P11位置的苄基上
【机 构】
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山东师范大学物理与电子科学学院,山东交通学院数理系,
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HIV-1蛋白酶是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.采用分子动力学模拟,运用MM-PBSA方法计算了HIV-1蛋白酶与三个抑制剂BE4,BE5和BE6的结合自由能,结果表明抑制剂P1/P11位置的苄基上双氟原子的不同位置对结合自由能产生不同的影响.通过能量分解的方法考察了HIV-1蛋白酶的主要残基与三个抑制剂间的相互作用与识别,结果表明三个抑制剂以相同的作用模式与HIV-1蛋白酶结合,计算结果与实验结果基本吻合.
HIV-1 protease is one of the most important target enzymes for the treatment of AIDS.Using MM-PBSA method, the binding free energy of HIV-1 protease and three inhibitors BE4, BE5 and BE6 was calculated by molecular dynamics simulation. The results showed that inhibitors The different positions of the bis-fluorine atom on the benzyl group at P1 / P11 have different effects on the free energy of binding.The energy-dissociation method was used to investigate the interaction and recognition between the main residues of HIV-1 protease and three inhibitors, The results showed that the three inhibitors bind to HIV-1 protease in the same mode of action, and the calculated results are in good agreement with the experimental results.
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