在踏查岷江百合分布区的基础上随机选取两个阴坡与阳坡群体,设样地调查其群落特征,测定其土壤化学性质指标,并用ISSR分子标记分析两群体遗传多样性。结果表明,岷江百合生长在兰花莸、小角柱花、美丽胡枝子、黄花蒿等为优势的干旱河谷灌丛中,在垂直结构上居于灌木层片。数量上较多,但因冠副较小,群落外貌上不明显。土壤为褐土,呈弱碱性,土壤潜在肥力水平较高,但有效成分较低。阴坡土壤有效成分高于阳坡。物种水平的多态性谱带的比例为96.72%,有效等位基因数为1.5572,Shannon’s多样性指数为0.4932,平均期望杂合度为0.3276。其中阴坡群体的遗传多样性参数要高于阳坡群体。群体间遗传差异占总遗传差异的17.57%,群体内遗传差异占总遗传差异的82.43%。两个群体间的基因流为5.0660,说明两群体亲缘关系较近,而群体内遗传分化强烈,阴坡群体的遗传分化强于阳坡群体。