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小微企业数量庞大，在国民经济中发挥着巨大作用。随着经济社会的发展，大多数的小微企业也实现了电算化。电算化的发展提高了企业的经营效率，也对审计工作带来了重大的影响。而实现电算化系统的计算机审计，不但需要审计人员具备过硬的审计功底，还需要有软件工程层面的知识。计算机审计也由于审计成本和审计人员技术永平的刺约而在实践中受到限制。本文结合我国小微企业的实际情况对其计算机审计方面存在的问题进行了分析，并提出了相关对策。