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由于帕尼培南在水溶液中以一对构象异构体（约1：1）的形式存在，因此在某些色谱系统中，因构象异构体在色谱过程中相互间转化的速率较低，导致帕尼培南峰展宽甚至裂分，并与有关物质的分离较差。本文定性地研究了柱温、pH、流速、硅胶、固定相和对离子等对帕尼培南峰形和构象异构体分离的影响。结果显示，提高柱温或pH，流动相中添加荷正电的对离子，均可改善帕尼培南峰形；反之，降低柱温或pH，增加流速，流动相中添加荷负电的对离子，均有利于构象异构体的分离。硅胶对构象异构体具有分离能力。在此研究基础上初步提出了适用于注射用帕尼培