【摘 要】
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从牡丹花色候选基因中开发一套SSR标记,为牡丹花色分子遗传学研究和分子标记辅助育种提供帮助.本研究基于高通量转录组测序技术(RNA-seq)获得了278条涉及调控牡丹花色形成的U
【机 构】
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北京农学院园林学院,北京,102206;北京林业大学,城乡生态环境北京实验室,北京,102206;北京农学院,林木分子设计育种高精尖创新中心,北京,102206
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从牡丹花色候选基因中开发一套SSR标记,为牡丹花色分子遗传学研究和分子标记辅助育种提供帮助.本研究基于高通量转录组测序技术(RNA-seq)获得了278条涉及调控牡丹花色形成的Unigenes序列,利用SSRIT在128条Unigenes中检测到215个SSR位点,出现频率为46.04％.其中优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复,分别占总SSR位点的18.60％、41.86％和36.28％,优势重复基元为TC/GA和AT/TA,分别占二核苷酸重复的30.00％和27.50％.在此基础上,从中选择100对SSR引物合成,以牡丹品种基因组DNA为模板,验证其有效性和多态性.结果表明,有效引物50对(占50％),多态性引物12对(占24％).12对多态性引物在芍药属12个不同种质内进行通用性检测,转移率范围为83.33％～100％,平均转移率为96.53％,表明牡丹SSR标记在芍药属内具有较高的通用性.利用高通量RNA-seq开发牡丹候选基因SSR标记可为牡丹功能基因挖掘、品种分子身份证构建、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种等提供重要的遗传资源.
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