目的探讨不同核酸检测方法在非淋球菌性尿道炎病原体检测中的应用价值。方法对162例疑似非淋球菌性尿道炎患者样本同时运用实时荧光定量PCR法(FQ-PCR)和实时核酸恒温扩增检测技术(SAT)进行沙眼衣原体(Ct)和解脲支原体(Uu)检测,并对结果比较分析。结果分别对162例患者尿液标本和拭子标本作Ct病原核酸检测,SAT法阳性率均为18.52%。FQ-PCR法阳性率分别为17.28%和20.37%。尿液标本和拭子标本Uu病原核酸检测,SAT法阳性率均为53.70%;FQ-PCR法阳性率分别为41.98%和50.00%。以FQ-PCR法为参考方法,SAT法在Ct检测中拭子标本的检测灵敏度为87.88%,特异度为99.22%。尿液标本的检测灵敏度为92.86%,特异度为97.01%。在Uu检测中,SAT法拭子标本的检测灵敏度为90.12,特异度为82.72%。尿液标本的检测灵敏度为100.00%,特异度为79.79%。结论 SAT和FQ-PCR均能为临床诊断Ct,Uu感染提供依据,SAT可以以尿液标本代替拭子标本,且可以用于判愈,防止过度治疗。