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序列特异性ＤＮＡ断裂蛋白质是在序列特异性ＤＮＡ结合蛋白质及小分子ＤＮＡ断裂试剂基础上设计合成的。其基本原理是在含有ＤＮＡ结合域的蛋白质上引入一个金属螯合剂并螯合一个适当的金属离子，其中序列特异性ＤＮＡ结合蛋白质具有与ＤＮＡ特定序列结合的能力，从而可以起导向物的作用；而引入的金属螯合剂与金属离子复合物具有断裂ＤＮＡ的功能，两者协同作用可以达到序列特异性断裂ＤＮＡ的目的。