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棉花再生植株当代或后代存在着广泛的生理和表型变异，其可分为不能遗传的生理型变异和可遗传的遗传型变异两类。生理型变异一般在再生植株当代就恢复正常。在棉花体细胞无性系变异中，叶形、育性的变异大多是生理型变异；株形、熟期、产量性状和纤维品质的变异大多是遗传型变异。在棉花体细胞无性系变异中，大多是不利的变异，但也有少量有利的变异，对其进行连续自交和筛选已获得高衣分、高纤维品质和长绒的新种质，并已获得育性、