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2006年高考生物试题有综合卷和单科卷两种基本模式，上海、广东和江苏继续使用单科卷，其余各省（市、自治区）均使用综合卷。理综试卷包括由考试中心命题的全国卷I、全国卷Ⅱ以及由北京、天津、四川和重庆自主命题的试卷共6套（不包括因特殊情况而启用的B卷）。与去年相比，全国卷由原来的3套减少为2套，自主命题的省（市）增加了四川和重庆。