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超高速水下航行器自主航行试验需要雷裁计算机提供时序控制、姿态自动控制等支持，在恶劣水下环境中测控系统的可靠性至关重要，它影响着实航数据的获取和航行控制研究的开展。以PC104嵌入式计算机为硬件平台，标准C语言为开发工具，针对超高速水下航行器航行控铡和数据测量需求开发了测控程序。通过电平I／O进行时序及航行姿态控制，串口通信完成数据传输，并着重介绍了软硬件配合实现系统可靠性扣数据安全性的方法，给出了一纽实航测量数据，验证了测控程序的有效性。所述测控程序的实现方法可供工程设计人员参考。